Kabupaten Bondowoso är ett kabupaten i Indonesien. Det ligger i provinsen Jawa Timur, i den västra delen av landet, 800 km öster om huvudstaden Jakarta. Antalet invånare är 736,772.
Savannklimat råder i trakten. Årsmedeltemperaturen i trakten är 22 °C. Den varmaste månaden är september, då medeltemperaturen är 25 °C, och den kallaste är januari, med 20 °C. Genomsnittlig årsnederbörd är 1,727 millimeter. Den regnigaste månaden är januari, med i genomsnitt 367 mm nederbörd, och den torraste är september, med 4 mm nederbörd.